以撒的结合的剧情粗略地改编自其同名的圣经故事。以撒原本与他的母亲开心地生活在一起，以撒在他的房间里玩着玩具画着画。一天他的母亲听到到了“来自天上的声音”。“祂”说，以撒是罪恶的，你必须清楚他的罪恶从而救赎他。于是他的母亲夺走了以撒的玩具甚至是衣服。

来自天上的声音又一次召唤着以撒的母亲。“祂”说，以撒必须与有关恶魔的一切断绝关系。再一次，以撒被他的母亲强迫关在了他的房间里。此时来自天上的声音又传来，“祂”说以撒的母亲做的不错，不过以撒的罪恶仍未除去，“祂”要求以撒的母亲杀死以撒。以撒的母亲拿着菜刀，穿过客厅来到以撒的房间。以撒见势不妙看见了一个活板门钻了进去。然后一张以撒的画作铺在桌子上，作为游戏开始界面。在游戏的加载点，会有各式各样的 CG 跳出，均是一些反应以撒不愉快的记忆的画作。这个游戏总共有 13 个结局，每一个结局会在打通 Boss 后出现。

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